وفق ماده 58 آئین نامه اجرایی ثبت اختراع تصمیم مرجع ثبت مبنی بر رد اظهارنامه، از سوی متقاضی قابل اعتراض است. اعتراض باید در دو نسخه به صورت کتبی و همراه با دلایل و مستندات مربوط و رسید مربوط به پرداخت هزینه رسیدگی به رد ثبت، ظرف مدت 30 روز از تاریخ ابلاغ تصمیم، از طریق مرجع ثبت به کمیسیون موضوع ماده 170 این آئین‌نامه ،تسلیم شود. پس از ثبت اعتراض‌نامه، نسخه دوم آن با قید تاریخ و شماره وصول به معترض مسترد می‌گردد. مهلت مذکور برای متقاضی مقیم خارج از کشور 60 روز می‌باشد.
تبصره – در صورت رد اعتراض در کمیسیون، هزینه رسیدگی به رد ثبت قابل استرداد نخواهد بود.
اعتراض به تقاضای ثبت اختراع
وفق ماده 59 آئین نامه اجرایی ثبت اختراعات هرشخصی که نسبت به تقاضای ثبت اختراع اعتراض داشته باشد باید اعتراض خود را در دونسخه به مرجع ثبت تسلیم نماید. پس از ثبت اعتراض‌نامه، نسخه دوم آن با قید تاریخ و شماره وصول به معترض مسترد می‌گردد. اعتراض نامه باید همراه با دلایل و مدارک استنادی و رسید مربوط به پرداخت هزینه رسیدگی به اعتراض باشد. چنانچه پس از بررسی اعتراض نامه و مدارک استنادی، تکمیل مدارک منضم به اعتراض‌نامه ضرورت داشته باشد، مرجع ثبت باتعیین موارد، کتباً از متقاضی می‌خواهد که ظرف 30 روز از تاریخ ابلاغ نسبت به رفع نقص اقدام نماید. در غیر این صورت، اعتراض‌نامه کان لم یکن تلقی خواهد شد.
تبصره – مهلت مذکور در این ماده برای اشخاص مقیم خارج از کشور 60 روز می‌باشد.
اعتراض مبنی بر ادعای حق مالکیت ثبت اختراع
وفق ماده 60آئین نامه اجرایی ثبت اختراعات هرگاه اعتراض معترض مبنی بر ادعای حق مالکیت، نسبت به اختراعی باشد که اظهارنامه ثبت آن تسلیم مرجع ثبت شده است در صورتی که اختراع قبلاً به نام او ثبت نشده است، باید همزمان با اعتراض، برای اختراع خود مطابق قانون و این آییننامه تقاضای ثبت کرده و حق ثبت اظهارنامه و حق ثبت اختراع و تمام مخارج مربوط به آن را تأدیه نماید. مرجع ثبت موظف است با رعایت ماده 59 این آییننامه، ظرف 10 روز از تاریخ وصول اعتراض نسخه‌ای از اعتراض‌نامه را به انضمام رونوشت مدارک و دلایل استنادی به متقاضی ثبت ابلاغ نماید. متقاضی مکلف است از تاریخ ابلاغ اعتراض‌نامه پاسخ مکتوب خود را ظرف 20 روز نسبت به اعتراض وارده به مرجع ثبت تسلیم نماید. عدم پاسخ متقاضی به ابلاغ در مهلت مقرر به منزله تمکین وی خواهد بود.
هرگاه متقاضی کتباً به اعتراض تمکین نماید، درخواست او برای ثبت اختراع مسترد شده تلقی می‌گردد و مراتب کتباً به معترض ابلاغ می‌شود تا در صورتی که اختراع وی به ثبت نرسیده باشد، برطبق اظهارنامه‌ای که همزمان با اعتراض تسلیم کرده است نسبت به ثبت آن اقدام کند. در صورت عدم تمکین متقاضی، مرجع ثبت مراتب را ظرف 10 روز به معترض ابلاغ کرده و وی از این تاریخ 20روز مهلت دارد که اعتراض خود را از طریق مرجع ثبت تسلیم کمیسیون موضوع ماده 170 این آییننامه نماید. همین ترتیب در موردی نیز باید رعایت شود که اعتراض معترض مبنی بر ادعای داشتن برخی حقوق، غیر از حق مالکیت، نسبت به اختراعی باشد که اظهارنامه ثبت آن تسلیم مرجع ثبت شده ولی هنوز در ایران به ثبت نرسیده است، مگر اینکه اختراع قانوناً قابل ثبت نباشد. در این فرض نیازی به تسلیم اظهارنامه ثبت اختراع به مرجع ثبت نخواهد بود. تصمیم کمیسیون طبق ماده 172 این آییننامه قابل اعتراض در دادگاه صالح مقرر در ماده 59 قانون است.
تبصره1– در صورتی که اظهارنامه تسلیمی به هر دلیلی منتهی به ثبت اختراع نشود مبالغ پرداختی از این بابت، قابل استرداد نخواهد بود.
تبصره 2- در صورت رد اعتراض در کمیسیون، هزینه رسیدگی به اعتراض قابل استرداد نخواهد بود.
تبصره 3- چنانچه معترض مقیم ایران نباشد، مهلت‌‌های مذکور در این ماده به دوبرابر افزایش می‌یابد.
اقامه دعوای ابطال گواهینامه اختراع
وفق ماده 61 آئین نامه اجرایی ثبت اختراع ذینفع می‌تواند با اثبات یکی از موارد مذکور در ماده 18 قانون دادخواست خود را تسلیم دادگاه صالح مقرر در ماده 59 قانون، نماید.
دادخواست ابطال باید همراه مدارک ذیل باشد:
1- اصل یا رونوشت مصدق کلیه اسناد و مدارک مثبت ادعای ابطال؛
2- رسید مربوط به پرداخت ودیعه تسلیم دادخواست ابطال به دادگاه، به شرح مذکور در جدول هزینه‌ها؛
3- وکالت نامه، در صورتی که دادخواست توسط وکیل تسلیم شود.
ابطال اختراع ثبت شده و رأی نهایی دادگاه
وفق ماده 62 آئین نامه اجرایی ثبت اختراع هرگاه ثبت اختراع باطل شود، از تاریخ ثبت، باطل تلقی می‌شود. رأی نهایی دادگاه به مرجع ثبت ابلاغ می‌گردد و مرجع مذکور آن را ثبت و به هزینه محکوم‌له، آگهی مربوط به آن را در اولین فرصت ممکن در روزنامه رسمی منتشر می‌کند. محکوم‌له می‌تواند مخارج مزبور را درجزء خسارت از محکوم علیه مطالبه کند. آگهی مذکور شامل عنوان اختراع و ذکر خلاصه‌ای از مفاد رأی نهایی دادگاه در این خصوص خواهد بود.
اظهارنامه بین المللی
وفق ماده63 اظهارنامه بین المللی که طبق معاهده همکاری در ثبت اختراعات از سوی اتباع ایرانی یا مقیمین در ایران تسلیم مرجع ثبت می گردد، مرجع ثبت به عنوان اداره مبدا، عمل خواهد نمود.
وفق ماده64 در صورتی که در اظهارنامه های بین المللی ، ایران به عنوان "کشور تعیین شده"و"کشور منتخب" جهت ثبت بین المللی معرفی شده باشد، مرجع ثبت ضمن رعایت تشریفات مقرر در معاهده و آیین نامه مربوط تقاضای ثبت اختراع را طبق قانون و این آیین نامه مورد بررسی قرار خواهد داد.
وفق ماده 65 علاوه بر هزینه هایی که برای ثبت بین المللی طبق معاهده و آیین نامه مربوط پرداخت می گردد، جهت بررسی اظهارنامه بین المللی و مدارک آن ، هزینه ای طبق جدول هزینه ها دریافت خواهد شد. در صورت تایید اظهارنامه ، چگونگی ارسال آن به دفتر بین المللی و هزینه های مربوط به عهده متقاضی خواهد بود.
هزینه ها
وفق ماده 66 با توجه به ماده 16 قانون، اعتبار گواهی نامه اختراع بیست سال از تاریخ تسلیم اظهارنامه است. برای حفظ اعتبار گواهی نامه باید ، هزینه ای سالانه ظرف دو ماه قبل از انقضای یک سال از تاریخ تسلیم اظهارنامه و هر سال بعد از آن به همین ترتیب تا تاریخ اعتبار گواهینامه ، طبق جدول هزینه ها تادیه گردد و الا ثبت اختراع از درجه اعتبار ساقط خواهد شد.
اگر مالک اختراع یا نماینده قانونی وی تا شش ماه پس از انقضای موعد ،علاوه بر هزینه سالانه جریمه ای معادل نصف هزینه سالانه اختراع را پرداخت نماید ثبت اختراع به اعتبار خود باقی خواهد ماند.